A mesterfokozat a Bolognai rendszerben az alapképzés utáni, második képzési szint. Ezalatt a diákok részletes elméleti és gyakorlati tudásra tesznek szert, amely segítséget nyújt a munkaerőpiacon való elhelyezkedéshez, és egyben felkészíti a diákokat a tanulmányaik folytatására. A magasabb végzettséggel rendelkező emberek nagyobb eséllyel pályáznak meg álláshirdetéseket, valamint lehetőségük nyílik tanulmányaik folytatására az ún. doktorandusi képzésben. 

A képzés alapvető hossza 4 félév, azaz 2 akadémiai év. 

A Selye János Egyetemen a következő tanulmányi programok közül lehet választani:

Tanárképző Kar

Az 1.1.1 Akadémiai tantárgyak tanítása és az 1.1.3 Művészeti és nevelési tantárgyak tanítása tanulmányi szakok közül a diákok bármelyik szakkombinációt felvehetik (pl. Magyar nyelv és irodalom – Történelem). A következő tanulmányi programokból választhatnak:

Magyar nyelv és irodalom
Szlovák nyelv és irodalom
Német nyelv és irodalom
Angol nyelv és irodalom
Történelem
Matematika
Informatika
Katechetika

Az 1.1.5 Elemi pedagógiai tantárgyak tanítása tanulmányi szakon a diákok az Óvópedagógia tanulmányi programot választhatják. 

Gazdaságtudományi Kar

A 3.3.15 Menedzsment tanulmányi szakon a diákok a Menedzsment tanulmányi programra jelentkezhetnek. 

Református Teológiai Kar

A Református Teológiai Karon egy tanulmányi szak létezik: 2.1.12 Teológia. Az alapképzést ezen a szakon összevontuk a mesterképzéssel, így a tanulmányok ezen a szakon 5 évig tartanak. A végzősök tanulmányaik befejezése után „magister”, röviden „Mgr” címet kapnak.